Je strokovni organ Centra Zarja. Sestavljajo ga strokovni delavci, strokovni sodelavci, ter predstavniki spremljevalcev.
Strokovni svet Centra Zarja:
-opredeljuje
strokovne podlage in smernice letnih programov dela,
-odloča o strokovnih vprašanjih,
-določa strokovne podlage za programe dela in razvoj Centra Zarja,
-podaja svetu Centra Zarja in direktorju mnenja in predloge glede
organizacije dela in pogojev za razvoj dejavnosti,
-obravnava vprašanja s področja strokovnega dela Centra Zarja,
-ocenjuje kakovost strokovnega dela v celoti in po posameznih področjih,
-zavzema stališča do aktualnih in ključnih vprašanj na področjih delovanja
Centra Zarja.